Unidad de Secuenciación Sanger y NGS
La Unidad de Secuenciación Sanger y NGS ofrece servicios de apoyo a la investigación para académicos y estudiantes. Provee acceso a equipamiento especializado y cuenta con personal capacitado que brinda asesorías técnicas, apoyo en la implementación de protocolos, procesamiento de muestras y generación de datos. Formamos parte de una plataforma de apoyo que busca compartir el uso de instrumentos científicos y el conocimiento técnico experto para promover la ciencia y la formación en las áreas disciplinarias correspondientes.
Gracias a nuestras tecnologías, es posible analizar un gran número de moléculas y generar una enorme cantidad de información en poco tiempo. Si el servicio que usted necesita no se encuentra descrito en esta sección, por favor contáctenos. Aquí solo se publican los servicios más solicitados.
Servicios y Equipos
Servicios
Secuenciación capilar
Información del Servicio
- Recibimos muestras de ADN plasmidial y productos de PCR para su análisis.
- Los resultados se obtienen utilizando primers proporcionados por el usuario o mediante primers disponibles en nuestro servicio, sin costo adicional.
- La longitud promedio de lectura oscila entre 600 y 700 pb, aunque la calidad e integridad de la muestra determinarán el tamaño final.
- La calidad de la muestra se evalúa mediante espectrofotometría, utilizando los índices 260/280 y 260/230, que se consideran óptimos cuando están entre 1.8 y 2.2.
- Es necesario entregar la muestra junto con el formulario de solicitud correspondiente.
Entrega de Resultados
Los resultados se entregan en un plazo máximo de 4 días hábiles para hasta 72 reacciones. Sin embargo, cualquier problema relacionado con la muestra o los primers podría extender la entrega a más de una semana. Los archivos se proporcionan en los formatos .ab1, .seq y .php.
Requerimientos
ADN Plasmidial
- Se requiere un volumen mínimo de 15 µl de ADN plasmidial, resuspendido en agua, con una concentración mínima de 60 ng/µl.
- El servicio dispone de primers universales en stock (consultar listado).
- Si se utilizan primers propios, estos deben enviarse a una concentración de 10 µM, con un volumen de 3 µl por muestra
Producto de PCR purificado
- Se requiere un volumen mínimo de 30 µl de producto PCR previamente purificado y resuspendido en agua, con una concentración mínima de 15 ng/µl.
- El servicio ofrece primers en stock sin costo adicional.
- Si se utilizan primers propios, deben enviarse a una concentración de 5 µM, con un volumen de 3 µl por muestra.
Producto de PCR sin purificar
- Se requiere un volumen mínimo de 25 µl de producto PCR de banda única, en un tubo de 1.5 ml.
- El servicio no realiza purificación a partir de gel.
Términos y condiciones
- Es responsabilidad del usuario entregar toda la información solicitada en el formulario, ya sea la información de las muestras y partidores como los datos de facturación.
- Se considerará como fecha de recepción cuando el servicio tenga las muestras y el formulario.
- La recepción presencial de muestras es de lunes a jueves de 9:00 a 12:30 hrs en la oficina de partes de la Casa Central, puerta principal Av. Libertador Bernado O´Higgins 340 . Favor consultar antes de enviar en jueves santo e interferiados.
- La recepción de muestras enviadas por correo es de lunes a jueves de 9:00 a 17:00 hrs y viernes de 9:00 a 13:00 hrs. No se reciben muestras desde servicios de Courier que impliquen salir fuera del campus. Favor consultar antes de enviar en jueves santo e interferiados.
- Todas las muestras son cuantificadas en un espectrofotómetro. Muestras con concentraciones menores al mínimo requerido no serán procesadas.
- Repetición de la muestra sólo por problemas en el funcionamiento del equipo y/o en el proceso de PCR de secuenciación (lo determina el servicio).
No hay repetición por inexistencia de señal o por señal no coincidente que lo esperado por el usuario.
Información del Servicio
- El servicio utiliza la matriz DS-G5, que permite la visualización simultánea de los fluoróforos VIC, 6-FAM, NED y PET.
- El estándar utilizado es LIZ500.Para otras matrices, por favor comuníquese con el servicio.
- La muestra debe entregarse junto con el formulario de solicitud correspondiente.
Entrega de Resultados
- Los resultados se entregan en un plazo máximo de 5 días hábiles. Si surgen problemas con la muestra o los primers, la entrega podría demorarse más de una semana.
- Los resultados se proporcionan en formato .fsa (no compatible con PeakScanner).
Requerimientos
¿Cómo debo llevar las muestras?
- Se requiere un volumen mínimo de 5 µl por muestra, ya sea producto de PCR con un solo fragmento marcado o con múltiples fragmentos marcados.
- Para muestras individuales, es necesario adjuntar una imagen del gel para verificar la intensidad.
Formulario Genotipado
- Cada envío de muestras debe incluir el formulario impreso, completado con toda la información solicitada.
- La fecha de ingreso al sistema se registra a partir de la recepción tanto de las muestras como del formulario.
Planilla Genotipado
- Para muestras de media placa (48 muestras) o de 96 muestras, además del formulario, se debe enviar por correo electrónico la plantilla correspondiente al equipo que se desea utilizar.
Términos y condiciones
- No hay repetición si no se observan los peaks esperados producto de señales bajas (producto PCR débil).
- No es responsabilidad del servicio si en una mezcla de fluoróforos no se observan todas las señales. Se recomienda primero verificar en una muestra de prueba las distintas intensidades.
- Las muestras en formato placa de 48y 96 no tienen repetición.
Este servicio se ha establecido a partir de la necesidad tanto de investigadorescomo de empresas para la obtención de datos para sus preguntas.
Entre los servicios que se ofrecen se encuentran:
- Extracción de ADN: El servicio posee la experiencia para extraer ADN de animales, plantas, algas, bacterias y hongos. No realizamos extracción desde organismos patógenos.
- Amplificación por PCR : podemos amplificar marcadores molecularesestandarizados como 16S, ITS, COI y microsatélites ya publicados.
- Estandarización de PCR: Para marcadores que no hayan sido probados o publicados anteriormente.
Para mayor información contactarsea secuencias@bio.puc.cl
Los marcadores microsatélites (SSRs o STR) son regiones dentro del genoma compuestas por repeticiones de 2-6 pares de bases. Cada región corresponde a un locus que puede tener alelos con diferentes números de repeticiones. Mediante secuenciación NGS, podemos identificar estas regiones y diseñar primers específicos para su investigación.
- El servicio ofrece lo siguiente:
- Preparación de librerías NGS a partir de tejido o ADN.
- Secuenciación NGS utilizando tecnología Illumina.
- Análisis bioinformático para identificar posibles primers de microsatélites.
- Prueba de polimorfismo sobre los primers diseñados.
- Obtención de datos de marcadores microsatélites, incluyendo la tabla de alelos generada con el programa GeneMapper.
- Dependiendo de las necesidades de su investigación, podemos realizar el proceso completo o solo algunas de las etapas.
Para más información, contáctenos en secuencias@bio.puc.cl.
Secuenciación NGS
- Secuenciación de Genoma Completo (WGS)
- Transcriptómica
- Amplicones
- Metagenómica
- Desarrollo de microsatélites
- Microarrays/Genotipado
Información del Servicio
La secuenciación de genoma completo o WGS ofrece una visión integral del genoma del individuo, permitiendo la identificación de variaciones genéticas como SNPs, InDels y STRs que otras metodologías no pueden detectar. Además, facilita el ensamblaje de genomas de referencia, ya sea de novo o como nuevas versiones.
Nuestro servicio cuenta con tecnología de secuenciación Illumina y Nanopore. La combinación de lecturas cortas y largas nos permite adaptarnos a todos los requerimientos, ya sea para genomas eucariotas de gran o mediano tamaño, o para genomas bacterianos.
Para contactarse directamente con el servicio, por favor, envíe un correo a ngs@bio.puc.cl.
Entrega de Resultados
Los resultados se entregan en formato FASTQ.
Información del Servicio
En nuestro servicio de secuenciación NGS procesamos muestras de RNA total y mRNA. La integridad del material se verifica antes de aceptar las muestras para su procesamiento.
El servicio puede incluir solo la generación de genotecas o librerías, únicamente la secuenciación de genotecas ya preparadas, o el proceso completo que abarca desde la preparación de genotecas hasta la entrega de lecturas en formato FASTQ (sin análisis).
Para contactarse directamente con el servicio, envíe un correo a ngs@bio.puc.cl.
Lo que incluye el servicio:
- Verificación de calidad y concentración
- Preparación de genotecas
- Secuenciación de genotecas
Entrega de Resultados
Los resultados se envían en formato FASTQ.
Información del Servicio
En nuestro servicio de secuenciación NGS preparamos genotecas de amplicones 16S, 18S e ITS. También evaluamos el protocolo a seguir para otros tipos de primers y ofrecemos la posibilidad de utilizar paneles personalizados diseñados por el solicitante.
Dependiendo de las necesidades y preferencias del usuario, las muestras pueden ser procesadas para secuenciación en plataformas Illumina u Oxford Nanopore.
El servicio puede incluir únicamente la generación de genotecas o librerías, solo la secuenciación de genotecas ya preparadas, o el proceso completo desde la preparación de genotecas hasta la entrega de lecturas en formato FASTQ (sin análisis).
Para contactarse directamente con el servicio, envíe un correo a ngs@bio.puc.cl.
Lo que incluye el servicio:
- Verificación de calidad y concentración
- Preparación de genotecas
- Secuenciación de genotecas
Entrega de Resultados
Los resultados se envían en formato FASTQ.
Información del Servicio
El servicio de secuenciación de muestras metagenómicas incluye la preparación de genotecas a partir de muestras que contienen distintas especies, como metagenómica de suelo, agua, rizosfera, entre otras.
Dependiendo de las necesidades y preferencias del usuario, las muestras pueden ser procesadas para secuenciación en plataformas Illumina, Ion Torrent y/o Oxford Nanopore.
El servicio puede incluir solo la generación de genotecas o librerías, únicamente la secuenciación de genotecas ya preparadas, o el proceso completo que abarca desde la preparación de genotecas hasta la entrega de lecturas en formato FASTQ (sin análisis).
Para contactarse directamente con el servicio, envíe un correo a ngs@bio.puc.cl.
Lo que incluye el servicio:
- Verificación de calidad y concentración
- Preparación de genotecas
- Secuenciación de genotecas
Entrega de Resultados
Los resultados se envían en formato FASTQ.
Información del Servicio
Los marcadores microsatélites (SSRs o STRs) son secuencias en el genoma que consisten en repeticiones de entre 2-6 pares de bases. Cada una de estas secuencias corresponde a un locus que puede tener alelos con un número variable de repeticiones. A través de la secuenciación NGS, podemos identificar estas regiones y diseñar primers específicos para su investigación.
Nuestro servicio ofrece:
- Preparación de librerías NGS a partir de tejido o ADN
- Secuenciación NGS
- Análisis bioinformático para identificar posibles primers de microsatélites
- Pruebas de polimorfismo para los primers diseñados, incluyendo la estandarización de la reacción de PCR
- Análisis de individuos para genotipar a partir de los loci polimórficos obtenidos
Dependiendo de los requerimientos de su investigación, podemos realizar el proceso completo o solo etapas específicas.
Para más información, contacte directamente al servicio enviando un correo a secuencias@bio.puc.cl.
Información del Servicio
Los microarrays son una herramienta poderosa para la identificación de variantes genéticas como SNPs, variantes estructurales, así como para el análisis de cambios en la expresión y la epigenética. Los kits de microarreglos de Illumina ofrecen una amplia gama de aplicaciones en diversos organismos modelo y en áreas de interés específico.
El análisis de cientos de miles de puntos de información por muestra permite un genotipado preciso para estudios de asociación del genoma completo (GWAS), investigación médica, selección en programas de mejoramiento genético, y estudios de ancestría.
