Esta unidad nace por la necesidad de analizar múltiples parámetros en una población celular, siendo capaz de diferenciar desde tipos celulares distintos, detectar diferencias en expresión de proteínas específicas en dichas células.
Además, es posible separar diferentes poblaciones celulares según parámetros específicos determinados por el investigador, lo que permite la purificación de poblaciones que expresan o no una proteína o tienen diferentes características particulares que puedan ser medidas a través de citometría de flujo.